厭氧氨氧化菌一直被認為是嚴格的化能自養型xijun，有機物的添加必然對厭氧氨氧化系統帶來不可忽視的影響。因此，進水中有機物對厭氧氨氧化的影響一直是研究者的熱點。  

1、 有機碳源對厭氧氨氧化菌的阻止作用  隨著進水中有機物濃度的上升，水中的異養反硝化菌（heterotrophic denitrification bacteria，HDB）將與厭氧氨氧化菌競爭底物，從而使厭氧氨氧化菌在高COD下難以取得競爭優勢，氨氮去除率下降。N. Chamchoi等研究發現，當進水COD＞300 mg/L時，厭氧氨氧化菌活性受到明顯阻止。W等通過研究發現，當進水COD從480 mg/L提升至720 mg/L時，比厭氧氨氧化活性（specific anammox activity，SAA）從0.39 kgNH4+-N/（kgVSS·d）下降至0.19 kgNH4+-N/（kgVSS·d）；同時在厭氧氨氧化系統中，隨著COD的上升，系統中的優勢菌群從厭氧氨氧化菌向反硝化xijun轉變，厭氧氨氧化菌的主要種群也發生了改變。D等通過高通量測序證明了厭氧氨氧化菌的主要種群從“Ca. Brocadia sinica”變為了“Ca. Jettenia caeni”和“Ca. Kuenenia stuttgartiensis（K. stuttgartiensis）”。這與L. Russ等發現的“K. stuttgartiensis”能夠耐受較高的有機物濃度的結果相吻合。  

2、有機碳源對厭氧氨氧化菌的刺激作用  厭氧氨氧化菌在有機物添加后仍能占主導地位，并能通過新陳代謝作用與異養反硝化菌共同去除有機物和硝酸鹽。這一般發生在進水C/N較低的厭氧氨氧化系統中。在早期的研究中研究者發現，厭氧氨氧化菌能通過氧化小分子有機酸為CO2后，再利用CO2合成細胞自身營養物質的方式代謝部分有機碳。W等研究發現，當COD≤480 mg/L時，厭氧氨氧化系統的脫氮效率基本不受影響，厭氧氨氧化菌的活性反而有所上升。研究發現，經過一段時間的適應期（50 d）后，丙酸鹽對厭氧氨氧化反應系統的性能有一定的提升作用，在反應系統中丙酸鹽被氧化為CO2。張少輝向厭氧氨氧化穩定運行的上流式厭氧生物膜反應器的進水中投加1.16 mmol/L的乙酸鹽，并進行了長周期運行，發現在經過一段時間的馴化后總氮去除效率反而上升；在相同的進水負荷下，氮去除率從投加前的75%上升至81%。劉金苓等投加葡萄糖的批次試驗也獲得了與之相似的實驗結果。Xiaoli Huang等研究認為，在較低有機物濃度（乙酸鹽≤120 mg/L, 丙酸鹽≤200 mg/L）的環境下，厭氧氨氧化反應系統不會受到較大的影響，并能保持良好的脫氮性能。  

3 、不同有機碳源對厭氧氨氧化系統效能的影響  不同的有機碳源對厭氧氨氧化系統的影響往往是不同的。作為常見的營養物質，低濃度的糖類會對厭氧氨氧化有一定的刺激作用。一定情況下葡萄糖可以作為厭氧氨氧化反應的惟一碳源。但糖的組成越復雜，厭氧氨氧化菌的利用效率就越低。以甲酸鹽、乙酸鹽、檸檬酸鹽為的小分子有機酸鹽可以被厭氧氨氧化菌作為電子供體還原NO3-，其中以乙酸鹽為電子供體時反應速率很高。而實際的長期實驗表明，厭氧氨氧化系統往往對丙酸鹽的適應性比較強。但上述物質的濃度超過一定限值時，厭氧氨氧化菌的活性會受到阻止。研究發現，厭氧氨氧化系統中加入苯酚等物質時，厭氧氨氧化菌的活性會受到強烈阻止。楊朋兵等的研究表明，當苯酚質量濃度＞300 mg/L時，氮去除率可從99%下降至55%。醇類一般被認為對厭氧氨氧化具有強烈的阻止作用，厭氧氨氧化體內的羥氨氧化還原酶（hydroxylami-neoxidoreductase，HAO）會將醇類轉化為對菌體有毒性的有機物質，例如甲醛。甲醛可以通過部分蛋白的結合使關鍵酶失活，從而使細胞死亡。醇類特別是甲醇，在較低濃度時就會不可逆地阻止厭氧氨氧化反應，在D等的研究中，當甲醇濃度達到0.5 mmol/L時，厭氧氨氧化反應活性不可逆地降低了約30%。  

總的來說，有機物的添加視情況不同會對厭氧氨氧化系統帶來如下影響：  

（1）刺激作用。低濃度及結構較為簡單的有機物，比如糖類和小分子有機酸的添加可刺激某些AAOB菌種的有機物代謝特性，從而增強厭氧氨氧化菌的活性，降低出水NO3--N濃度，提高氮去除效率。  

（2）競爭阻止作用。隨著有機物添加濃度的升高，與厭氧氨氧化菌競爭反應基質的反硝化菌就會大量繁殖，與厭氧氨氧化菌競爭NO2-，從而阻止厭氧氨氧化菌的活性；通過降低有機物濃度，此類阻止作用一般可以恢復。  

（3）有機毒性阻止。以醇類為的物質進入厭氧氨氧化系統，在HAO酶的作用下會造成甲醛積累，從而破壞菌體的活性，從根本上阻止了厭氧氨氧化去除氮的效率，阻止作用強且不可恢復。