在沒有溶解氧或硝態氮存在的條件下，兼性xijun通過發酵作用將可溶性BOD5轉化為低分子揮發性有機酸VFA。聚磷菌吸收這些發酵產物或來自原污水的VFA，并將其運送到細胞內，同化成胞內碳能源儲存物質PHB，所需的能力來源于聚磷的水解以及細胞內糖的酵解，并導致磷酸鹽的釋放。

2）好氧條件下攝磷

好氧條件下，聚磷菌的活力得到恢復，并以聚磷的形式存儲超過生長所需的磷量，通過PHB的氧化代謝產生能量，用于磷的吸收和聚磷的合成，能量以聚磷酸高能鍵的形式捕集存儲，磷酸鹽從水中被去除。

3）富磷污泥的排放

產生的富磷污泥通過剩余污泥的形式排放，從而將磷去除。從能量角度來看，聚磷菌在無氧條件下釋放磷獲取能量以吸收廢水中溶解性有機物，在好氧狀態下降解吸收溶解性有機物獲取能量以吸收磷。

除磷的關鍵是厭氧區的設置，聚磷菌能在短暫的厭氧條件下，由于非聚磷菌吸收低分子基質并快速同化和儲存這些發酵產物，即厭氧區為聚磷菌提供了競爭優勢。

這樣一來，能吸收大量磷的聚磷菌就能在處理系統中得到選擇性增殖，并可通過排除高含磷量的剩余污泥達到除磷的目的。這種選擇性增殖的另一好處是控制了絲狀菌的增殖，避免了產生沉淀性能較差的污泥的可能，因此厭氧/好氧生物除磷工藝一般不會出現污泥膨脹。